ФДО создан в соответствие с решением ученого совета СПбГМУ 25 июня 1998 года для осуществления профориентационной работы со школьниками города, области и других регионов, а также подготовки абитуриентов к поступлению в медицинский ВУЗ.
В рамках ФДО работают подготовительные курсы (Малая Медицинская Академия).