Музей Зеленограда занимает особое место в культурной и общественной жизни города. Открытый по инициативе городской общественности в 1969 году в юном Зеленограде, городе современной науки и передовых идей, музей помог сохранить для жителей и гостей память о прошлом. Например, о героических событиях 1941 года, когда в окрестностях будущего города проходила линия обороны советских войск.

В 1992 году произошло важное событие в жизни музея: он получил статус государственного и стал называться Государственный Зеленоградский историко-краеведческий музей.

Еще одна особенность Музея Зеленограда состоит в том, что он расположен в двух локациях. Новая экспозиция музея теперь базируется в Доме «Флейта», одном из ключевых зданий городского центра, спроектированного в 1960-е годы группой архитекторов во главе с И.А. Покровским.

Вторая локация в инфраструктуре музея — Выставочный зал в 14-м микрорайоне, единственное учреждение культуры музейного профиля в динамично растущей части города, отделенной от центральных районов железной дорогой. Основное направление деятельности Выставочного зала — экспонирование передвижных выставок по партнерским программам музея.