Зеленоград - это спутник Москвы и город электроники.
Он начал строиться в 1958 году на месте, где в 1941 году проходила линия фронта. 3 декабря 1966 года из братской могилы на 40-м километре Ленинградского шоссе был взят прах Неизвестного солдата и перезахоронен у Кремлёвской стены в Александровском саду. Также в 1966 году впервые отмечалось 25-летие Московской битвы. Именно в это время и возникла идея создания музея. Осуществилась она в марте 1969 года.
Собранный за многие годы материал лёг в основу экспозиции военно-исторического зала "Там, где погиб Неизвестный солдат", открытого 9 мая 1995 года.

За 50 лет своего существования музей прошёл большой путь. Сначала он был общественным, затем получил статус муниципального, а 13 марта 1992 года был преобразован в Государственное учреждение культуры.
В январе 2014 года музей был реорганизован путем присоединения к нему выставочного зала "Зеленоград" в 14-м микрорайоне. Вновь образованное учреждение получило название "Музей Зеленограда".