В настоящее время в структуру Балтийской государственной академии входит Калининградский морской рыбопромышленный колледж, Морской институт и Институт инженерной педагогики и гуманитарной подготовки.

В академии осуществляется профессиональная подготовка по 10 направлениям бакалавриата и одному - магистратуры. Также реализуются программы подготовки, переподготовки и повышения квалификации в рыбопромышленной, морской и транспортной сфере в области обучения членов экипажей морских судов и береговых предприятий. Постоянно совершенствуется система воспитательной работы. К её проведению активно привлекаются члены Союза выпускников БГАРФ—КВИМУ, созданного в 2008 году.