Футбольный клуб «Амкар» был создан как команда пермского ОАО «Минеральные удобрения». Официальной датой рождения считается 8 мая 1993 года.

Название «Амкар» происходит от сочетания частей слов аммиак и карбамид — эти два вещества являлись главной продукцией предприятия. Клубными красно-чёрными цветами команда обязана торговым партнёрам из Милана, которые на просьбу помочь предложили форму одноимённого клуба. Основу новой команды составляли работники предприятия.

В 1994 году «Амкар», усилившись игроками-любителями из других команд города и несколькими бывшими профессионалами, стал чемпионом города Перми и Пермской области, а также выиграл областной кубок.

6 декабря 1994 года клуб был официально зарегистрирован и подал заявки на участие в турнире коллективов физической культуры. Однако «Амкару» предложили играть в третьей лиге чемпионата страны.